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《内蒙古民族大学学报（自然科学版）》主要设有数理科学和化学、工程技术与计算机应用、农业科学、医学、蒙医蒙药研究、研究生论坛、体育科学等栏目；主要刊登理科学和化学、农业科学、医学、体育科学等方面的学术论文。其中理论物理、民族医药、荒漠化生态环境的持续农业等为其特色栏目。

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