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《药物分析杂志》设置以论文报道主题和编辑策划为分类依据，主要栏目包括：成分分析（Ingredient Analysis）、活性分析（Activity Analysis）、快速分析（Rapid Analysis）、代谢分析（Metabolism Analysis）、质量分析（Quality Control）、安全监测（Safety Monitoring）、生物检定（Bioassay）、过程控制（Process Evaluation）、标准研讨（Standard Deliberation）、经验交流（Experience Notes）、技术研发（Research Technology），以及特约报道（Special Report）、学科动态（Science Dynamic）、专家点评（Expert Comments）、研究快报（Research Letters）、综述专论（Review & Monography）等。

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