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据2018年5月研究所官网信息显示,中国科学院南京地质古生物研究所共有1个国家重点实验室(现代古生物学和地层学国家重点实验室)、1个中国科学院重点实验室(资源地层学与古地理学院重点实验室)以及一个基础研究部(下设三个所研究室:古无脊椎动物学研究室、微体古生物学研究室、古植物学与孢粉学研究室)。
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