《东南大学学报（医学版）》创刊于1960年，曾用刊名《南京铁道医学院学报》，是由中华人民共和国教育部主管、东南大学主办的学术期刊 [1]  。

据2020年3月《东南大学学报（医学版）》官网显示，《东南大学学报（医学版）》第六届编委会有编委43人 [2]  。

据2020年3月6日中国知网显示，《东南大学学报（医学版）》共出版文献5486篇、总被下载555410次、总被引21857次，（2019版）复合影响因子为1.359、（2019版）综合影响因子为1.238 [3]  。据2020年3月6日万方数据知识服务平台显示，《东南大学学报（医学版）》共载文5248篇、基金论文量为1695篇、被引量为20493次、下载量为219555次，2017年影响因子为1.23 [4]  。

1960年，《南京铁道医学院学报》创刊。

1964年，《南京铁道医学院学报》停刊。

1983年，《南京铁道医学院学报》复刊。

1987年，该刊以季刊稳定发行。

1989年，《南京铁道医学院学报》获准公开发行。

2001年9月，随着南京铁道医学院与东南大学合并，该刊更名为《东南大学学报（医学版）》。

2003年，该刊刊期由季刊改为双月刊 [1]  [3]  。

2009年11月1日，该刊开始实行网上投稿 [6]  。

2014年12月，该刊成为中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊 [7]  。