《中国肛肠病杂志》是我国防治大肠肛门疾病的专业期刊，为全国肛肠学科进行学术交流，提高学术水平的重要工具。其内容包括中医、西医、中西医结合三方面。
二十世纪八十年代，我国的肛肠事业得到了长足的发展。在老一代肛肠病学专家的倡议和努力下，有关领导对成立肛肠专业学术团体的报告批示后，于1980年7月在福州召开全国肛肠学术会议(如以肛肠分会成立之日为起始，此次会议可称为第一届全国肛肠学术会议)时，成立了中华全国中医学会(现为中华中医药学会，下简称总会)肛肠分会，同时决定出版肛肠杂志，并做了初步准备。办刊的申请呈报中华全国中医学会和卫生部批准后，1981年3月全国肛肠学会正副主任委员及有关人员18人在杭州举行座谈会，原总会郭仪副秘书长亲临指导。
会议讨论了出版肛肠杂志的各项工作，成立了编委会，并确定了出版发行单位。人民日报、健康报、光明日报在报道成立中华全国中医学会肛肠分会的同时并报道了创办肛肠杂志的消息。出版部门批准公开发行后，1981年8月创刊号正式出版。原卫生部崔月犁部长为杂志撰写了题为“为了人民的利益努力办好肛肠杂志”的创刊词：“这个刊物的出版，标志着我国肛肠学科，在临床和科研工作方面已经进入一个新的发展阶段。它将成为全国肛肠学科的中医、西医、中西医结合三支队伍，进行学术交流，活跃学术思想，提高学术水平的重要阵地。”创刊初期刊名为《肛肠杂志》，出版周期为季刊。
当时杂志出版了，但尚无固定的编辑部。当时由原浙江医学院第一附属医院陆琦主任任编委会主任委员兼杂志主编。肛肠杂志的印刷由辽宁省营口市中医院张树义主任负责。稿件的编辑加工由王玉成主任负责，加工后的稿件寄杭州由陆琦复审签署意见，再寄至营口印刷出版。
当出版两期后，即1981年创刊号和1982年第l期，由于办刊经费不足和其他困难，于1982年5月28日至5月31日在杭州召开了第一次肛肠杂志编委会扩大会议，由有关同志汇报了杂志创办的情况，讨论今后如何办刊。由于编辑出版的各个环节结合不严密，再加上印刷、出版承办者业务水平有限，刊物质量较差。
1983年中国科协期刊部根据读者提出的意见，通知总会限令本杂志停刊整顿。杂志的出版陷入困境，面临着夭折的危险。经肛肠杂志编委会和肛肠分会理事会主要领导共同研究后，认为必须采取果断措施，在末停刊的情况下，于1983年11月在北京由原总会吕炳奎秘书长、郭仪副秘书长主持召开了有关人员会议，出席会议的肛肠分会理事会和肛肠杂志编委会成员有丁泽民、陆琦、王玉成、周济民、黄乃健、张树义以及康志国和原营口市中医院院长共8人，经研究决定肛肠杂志由营口移至济南出版发行，郭仪副秘书长提议，肛肠杂志更名为《中国肛肠病杂志》。会后丁泽民、陆琦、王玉成、黄乃健即赴济南山东中医学院进行实地考察，认为《山东中医杂志》编辑部有能力承办《中国肛肠病杂志》。后因无经费等原因，与《山东中医杂志》合办未能成功，但出版业务已由营口移至济南，1984年杂志的出版工作暂由黄乃健负责。
本刊移济南后，为适应工作的需要，在山东中医学院附属医院内成立了编辑部。这时，重新设计了杂志封面，中文刊名仍由陆琦主任请著名书法家沙孟海先生题写，英文名称采纳喻德洪教授的意见，由直肠病学(Proctology)改为结直肠病学(Coloproctology)，连同汉字拼音刊名均由山东中医学院美术教师刘文学书写。本年度发行工作为自办发行，同时由山东省新华书店和部分编委代为销售。
由于当时无专职编辑，经费亦有困难，1984年12月在北京又召开了有关人员会议，再次研究肛肠杂志的合办问题，出席会议的有丁泽民、陆琦、王玉成、史兆歧、黄乃健。经过讨论建议本刊仍与《山东中医杂志》合办，并委托黄乃健向山东中医学院有关领导进行汇报，就在此时，国家财政部下发了有关文件，首次提出出版刊物所需经费“自给自支”的原则，国家不再拨款。为此，山东中医学院领导建议本刊与山东中医药学会合办，山东省卫生厅原中医处蔡剑前处长代表山东中医药学会接受了这项建议，每年支付办刊经费，并配备专职编辑，负责具体工作。黄乃健将此情况向丁泽民、陆琦、王玉成等汇报并同意此意见后，又请示总会魏福凯秘书长，魏秘书长完全赞同肛肠分会与山东中医药学会合办此刊，并定于1985年适宜时间召开编委扩大会议。此会议原拟在山东曲阜召开，后解放军291医院原院长金虎主动承办了此次会议。
于1985年5月15日至5月20曰在内蒙古包头市召开了本刊第二次编委扩大会议，经过讨论和协商，通过了肛肠分会与山东中医药学会合办《中国肛肠病杂志》的协议书。主办双方领导签字盖章后，此协议自1985年3月生效。协议第八条规定：本协议自生效之日起，双方均不得借故中止协议。协议执行时间没有具体限定。此后国家卫生部、中华全国中医学会、肛肠分会、山东中医药学会的有关领导又分别在本刊的有关文件上如期刊登记表等签字盖章。这次会议还增补了编委，加强了编辑部的建设。自此，本刊的编辑出版等工作走上了规范化的道路，为今后的发展奠定了坚实的基础，这是《中国肛肠病杂志》发展史上的转折点和里程碑。
1991年8月，在南宁市召开了《中国肛肠病杂志》创刊10周年纪念会，对工作进行了阶段总结，黄乃健为庆祝本刊创刊10周年，发表了题为《为我国肛肠事业的发展而努力奋斗》的专文，对我国肛肠学科和肛肠杂志取得的成绩进行了系统的总结，并在文中强调指出：《中国肛肠病杂志》是我国肛肠学科中医、西医、中西医结合三支力量长期密切协作，携手并进的产物，为中华肛肠学科兴旺发达、奋勇前进的象征，让我们把这棵已经成长起来象征三支力量的友谊之树，培植得更加茂盛，使其茁壮成长，同时通过它，把全国肛肠学科、消化科、普通外科、肿瘤科和广大基层医务人员紧密团结起来，只有团结才能成功，才能胜利。
1998年在湖南张家界召开全国肛肠学术会议时，肛肠分会理事会进行了换届。在这次会议上肛肠专业委员会新的领导开始了夺刊斗争。
2001年是肛肠杂志创刊20周年，理应召开庆祝会议，同时对近10年的工作进行总结，根据当时的情况，为开好这次会议，编委会致函每位编委，征求意见，有的编委提出了衷恳的建议，认为当时召开编委会议，不一定达到预期的效果。后与有关编委商定，这次会议只能暂停召开。之后由黄乃健发表一篇题为“努力奋斗继续进取——庆祝《中国肛肠病杂志》创刊20周年”的专文，于2001年第12期发表，以示庆祝。这篇文章对肛肠杂志20年来所做的工作，进行了系统的总结，用一些数据肯定了多年来的成就，这是任何人抹煞不了的事实。这场旷日持久的争夺杂志的斗争不仅在中医学术团体内是绝无仅有的，在我国其他学术团体内也是罕见的，这是肛肠杂志发展史上值得记取的沉痛事件。