根据2019年9月3日中国知网显示,《复旦学报(自然科学版)》总出版文献5672篇,总被下载708551次、总被引29635次;(2018版)复合影响因子为0.648、(2018版)综合影响因子为0.435 [3] 。根据2019年9月3日万方数据知识服务平台显示,《复旦学报(自然科学版)》载文量为2782,被引量为17849、下载量为53607;据2015年中国期刊引证报告(扩刊版)数据显示,《复旦学报(自然科学版)》2015年影响因子为0.38 [4] 。
《复旦学报(自然科学版)》起源于1915年创办的《复旦杂志》(The Fuh-Tan Journal),第2~6期的封面刊名题写人分别为于右任、梁启超、唐绍仪、徐谦、孙洪伊。早期的的编辑人员有罗加伦、程天放、吴南轩、郭任远等。第1~7期分别于1915年12月、1916年6月、1917年1月、1917年7月、1918年1月、1918年7月、1918年12月出版。
1920年,刊名由《复旦杂志》改为《复旦季刊》,内容包括学术论文与文艺作品两类,以后又分别出版文史哲号、科学号等。
1945年,《复旦杂志》停刊。
1954年8月30日,复旦大学成立“复旦大学学报编委会”。
1955年4月1日,《复旦学报(自然科学版)》正式创刊。
1962年,《复旦学报(自然科学版)》改名为《复旦大学学报》(自然科学)。
1967-1972年,《复旦大学学报》(自然科学)停刊。
1973年,《复旦大学学报》(自然科学)复刊并恢复原名《复旦学报(自然科学版)》,编辑者为复旦大学自然科学学术研究委员会。
1974年,《复旦学报(自然科学版)》由不定期刊物改为季刊,每年出版4期,逢3、6、9、12月的25日出版。