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《医学信息学杂志》以报道医学信息领域的信息技术、信息研究、信息组织与利用等方面的理论方法、研究成果、技术应用等为主。该刊设有专论、医学信息技术、医学信息组织与利用、医学信息教育等栏目，其中专论栏目主要反映医学信息学某一专题领域的研究应用进展；医学信息研究栏目主要刊载新形势下医学信息研究与应用的新理论、新方法；医学信息技术栏目则是刊载信息基础设施（网络、通讯、设备等）的建设、开发、利用，即现代信息技术在医、教、研领域的应用；医学信息组织与利用栏目则是刊载有关医学图书馆事业的研究、创新、进展和趋势，信息资源（各种信息载体）的建设、开发、利用与管理；医学信息教育刊载医学信息检索课的教学理论与方法的探讨

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